理想的無(wú)菌操作室應劃為三部分：
●更衣室：供更換衣服、鞋子及穿戴帽子和口罩。
●緩沖間：位于更衣間與操作間之間。
目的是為了保證操作間的無(wú)菌環(huán)境，同時(shí)可放置恒溫培養箱及某些必需的小型儀器。
●無(wú)菌操作間：專(zhuān)用于無(wú)菌操作、細胞培養。
大小要適當，且其頂部不宜過(guò)高（不超過(guò)2.5m），以保證紫外線(xiàn)的有效滅菌效果；
墻壁光滑無(wú)死角以便清潔和消毒；
工作臺安置不應靠墻壁，臺面要光滑壓塑作表面，漆成白色或灰色以利于解剖組織及酚紅顯示pH的觀(guān)察。
孵育區——本區對無(wú)菌的要求雖不比無(wú)菌區嚴格，但仍需清潔無(wú)塵，因此也應設置在干擾少而非來(lái)往穿行的區域。孵育可在孵箱或可控制溫度的溫室中進(jìn)行，后者費用高，一般實(shí)驗室多采用孵箱進(jìn)行工作。
儲藏區——主要存放各類(lèi)冰箱、干燥箱、液氮罐、無(wú)菌培養液、培養瓶等，環(huán)境需要清潔無(wú)塵。
制備區——主要進(jìn)行培養液及有關(guān)培養用的液體等的制備。
清洗和消毒滅菌區——清潔和消毒滅菌區應與其他區域分開(kāi)，主要進(jìn)行所有細胞培養器皿的清洗、準備、消毒及三蒸水制備等工作。